Как правило, данные клиенты работают на базе браузеров. Если в Свойствах обозревателя включена опция "Блокировать всплывающие окна", то такая проблема может выскакивать.
Так же может быть несовместимость с каким-либо браузером. Клиент-банки, вроде, нормально работают под IE. Под Хром частенько глюят, под другие - сейчас не знаю.